Насчет файла подкачки все не так просто. Если не изменять настройки по умолчанию, файлы подкачки создаются на системном диске плюс на остальных разделах по требованию системы. Теоретически системные файлы hiberfil.sys и pagefile.sys должны находится только на разделе с системой, это так. Но на практике винде всегда всего мало, и она создает их на всех имеющихся логических дисках всех хардов.
А вообще в компьютерном мире чудес не бывает, если аппаратура в порядке - свободное место физически не может куда-то исчезнуть с харда. Надо искать причину пропажи. Если пользователь сам ничего не ставит и не копирует, то это или папка System Volume Information (точки восстановления), или системныкталоги в профиле пользователя - Application Data и Local Settings (а особенно его подкаталоги Temp - временные файлы и Temporary Internet Files - временные файлы браузера, которые система никогда сама не чистит). Допустим, если пользователь скачал с Депозита файл размером 200М, он сохраняется в Temporary Internet Files, а уже оттуда копируется в ту папку, которую выбрал пользователь. Естественно, первоначальная копия никуда не удаляется, сидит в системной папке до переустановки винды. Это я к тому, что если ты за пару дней скачала 15 файлов по 200 МБ, то в результате это будет минус законные 3 гига в выбранной тобой папке и минус 3 сюрпризных гига на системном диске. Мне кажется, проблема именно в этом 
Что касается торможения дубль--харда, даже не знаю что посоветовать. У меня тоже стоит 2 немаленьких харда, но разницы во времени доступа нет вообще. Подозреваю, просто тебе кто-то неправильно собрал и/или настроил железки. Так быть не должно. К сожалению, дистанционно тут не разобраться - надо смотреть системник - так что советую пригласить хорошего компьютерщика для очной консультации.