Джонатан Страуд родился в маленьком английском городке Бедфорде, переехал с семьёй в Сент-Олбанс, где и живёт до сих пор. Из детства вынес две главных вещи: ощущение присутствия чуда в нашем мире и мечту написать книгу, которую было бы интересно прочитать и самому.

После окончания Университета он выбрал для себя издательскую и писательскую карьеру в отделе игровой и популярной литературы в издательстве «Walker Books». Написал нескольких игровых и познавательных книг для детей, изданных «Walker», таких как «Затерянное сокровище капитана Блада: как безвестные рассыльщики спаслись от гибельных челюстей и обрели безграничную славу и удачу» («The Lost Treasure of Captain Blood: How the Infamous Spammes Escaped the Jaws of Death And Won a Vast And Glorious Fortune» (1996) и «Сага о Гарри Бристльберде, викинге: Героические и загадочные приключения» («The Viking Saga of Harri Bristlebeard: A Heroic Puzzle Adventure» (1997).

Затем Джонатан Страуд перешел в «Kingfisher Publications», где работал редактором детской научно-популярной литературы и какое-то время сочетал эту работу с писательской карьерой, пока не решил заниматься только творчеством.

В мае 1999 года вышел дебютный роман Страуда — «Сокровенный огонь» («Buried Fire»), написанный для детей. Элементы фэнтези и мифологии на фоне современной жизни делают эту книгу интересной и для детей, и для подростков, и для читателей постарше. В ней рассказывается о простой английской семье, готовой вот-вот распасться, которая вдруг сталкивается с темной магией. Вторая фэнтезийно-приключенческая книга Джонатана, «Прыжок через преграду» («The Leap»), вышла в январе 2001 в новой серии «Definitions». «Прыжок через преграду» повествует об опустошительности горя, а также искушении и опасности, сопутствующих созданию мира внутри мира: «Чарли опустошена после трагического несчастного случая, происшедшего на заброшенной Мельничной Запруде c ее лучшим другом Максом. Отказываясь поверить в то, что Макс погиб, она отправляется в волнующее путешествие по своим мечтам. Скоро придуманный мир становится для нее важнее всего, и фантазия и реальная жизнь начинают сливаться, вызывая странные события в повседневном мире».

В 2003 году вышел совсем новый роман Страуда под названием «Амулет Самарканда» — первая часть фэнтезийной «Трилогии Бартимеуса». Именно этот роман принес писателю известность.

«Глаз голема» — вторая книга из «Трилогии Бартимеуса». Роман вышел в Европе в 2004 году. На русском языке был издан впервые в 2005 году издательством «Эксмо».

«Врата Птолемея» — третья, долгожданная книга трилогии. Вышла в Великобритании в 2005 году, а осенью 2006 вышла на русском языке в издательстве «Эксмо».